凝器在长时间使用后很容易出现管道形成水垢的现象，如果没有及时处理掉，这些水垢会影响换热效果，导致机组的冷凝温度升高，进而导致制冷量降低、机组能耗增加，如下图。因此冷凝器应该经常进行水垢清除。
预防和清除水垢的方法大致有以下三种：
一、机械除垢发：机械除垢是用软轴洗管器对钢制冷却管的冷凝器进行除垢的方法，特别适用于立式壳管式冷凝器。
操作方法：
1、将冷凝器中的制冷剂抽出。
2、关闭冷凝器与制冷系统连接的所有阀门。
3、冷凝器的冷却水正常供给。
4、用软轴洗管器连接的伞形齿轮状刮刀在冷凝器的立管内由上而下的进行旋转刮除垢，并借助循环冷却水来冷却刮刀与管壁摩擦产生的热量，同时将清除下来的水垢、铁锈等污物冲洗入水池。
二、化学酸洗除垢法：用配制好的弱酸性除垢剂对冷凝器进行清洗，使水垢脱落，提高冷凝器的传热效率。
操作方法是：
1、在酸洗槽内配制好除垢溶液，开动酸洗泵，使除垢剂溶液在冷凝器中循环流动24小时后，一般情况下24小时后水垢基本清除干净。
2、停止酸洗泵工作后，用圆形钢刷在冷凝器管壁内来回拉刷，并用清水将垢、锈冲洗干净。
3、再用清水反复清洗残留在馆内的除垢剂溶液，直至彻底干净。化学酸洗除垢的方法适用于立式和卧式壳管式冷凝器。
三、电子磁水除垢法：电子磁水器的工作原理是将流经冷凝器冷却水中的钙、镁和其他盐类在常温下以正负离子状态溶解于水中。
当冷却水以一定的速度经磁水器的横向磁场时，溶解的钙、镁离子获得感应电能，使其电荷状态发生变化，离子间的静电引力受到干扰和破坏，这样就改变了其结晶的条件，使晶体的结构疏松，抗拉、抗压能力降低，不能形成粘结力强的坚硬水垢，成为松散的泥渣随冷却水的流动而排出。
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